홋카이도의 하코다테에 있는 도검 재벌의 깊은 창고에 괴도 키드로부터의 예고장이 도착한다. 이번에 키드가 노리는 것은,
막부 말기를 살았던 신선조 부장 히지카타 토시조에 얽힌 일본도라고 한다.
빅 쥬얼을 좇는 키드가 어째서 칼을 노리는 걸까...?
한편, 서쪽의 명탐정 핫토리 헤이지와 코난 일행도 하코다테에서 개최되는 검도 대회를 위해 현지를 방문하고 있었으며,
범행 예고 당일, 헤이지가 키드의 변장을 멋지게 알아채고 몰아붙이는데...?!
같은 시각, 가슴에 열십(十)자로 베인 상처가 난 시신이 하코다테 창고 거리에 발견된다.
수사 선상에 떠오른 것은 "죽음의 상인"이라 불리며 아시아 일대에서 무기 상인으로 활동하는 일본계 미국인 남자.
그는 전시 군수산업에 깊이 관여했던 오노에 집안 초대 당주가 하코다테 어딘가 숨겼다고 알려진 보물을 찾고 있었다.
그것은 당시 일본의 패색이 짙었던 전황을 뒤집을 정도의 강력한 무기라는 소문도...
그리고 그 보물과 키드가 노리는 칼은 아무래도 관계가 있는 듯하고,
칼을 노리는 키드에게 수수께끼의 "검사"의 그림자가 다가오는데...